次世代シーケンサーの解析技術を学びたい人にオススメの勉強法を紹介するよ！

2016/4/28 研究

昨今の生物系の研究では次世代シーケンサーを使ったものがとっても増えてきましたね。

 

これまでずっとwetの実験をしていた人でも、これから次世代シーケンサーを回しての実験をプランニングしているという方もいらっしゃるのではないでしょうか。

もしくは、もうすでに次世代シーケンサーを回していて、ドライな解析に四苦八苦しているという人いらっしゃることでしょう。

 

 

そこでこのページでは、次世代シーケンサーから得られたビッグデータの解析技術を身につけるためのおすすめの勉強法を紹介していきます。

 

これからの時代はバイオインフォマティシャンのニーズが高まりますから、勉強しておいて絶対に損はないですよー

 

まずはとにかくMacを買え

ビッグデータ解析を行うにはMacのパソコンが一番です。

もともとmacはUnix系ですから、ターミナルでunixコマンドがそのまま使えます。

また、最近は解析に必要なソフトウェアもmac対応（ものによってはmacのみ）になってきましたから、Windowsを使う必要性が全くありません。

市販の書籍もほとんどがmacパソコンを前提として書かれているものが多いですから、是非とも解析用にmacを買ってください。

ただ注意点としては、次世代のデータ処理はたくさんのメモリを必要とします。

必要最低限のメモリ目安としては以下の通りです。

解析手法	必要メモリ（目安）
RNA-seq	4 GB
メタゲノム解析	8 GB
エクソーム解析	8 GB
ChIp-seq	8 GB

 

もちろん、これは”最低限”の目安ですので、メモリが増えれば作業時間が短くなります。

なるべくメモリはケチらないで良いものを買うことをオススメします。

（理想としては16GBあればだいたい何でもできます）

 

機種としては、家やオフィスでのみ使うようでしたらiMacだったり、よくパソコンを移動させるという人はMac Book Airだったりと、生活スタイルに合わせて決めると良いと思います。

 

まずは書籍をじっくりと学習

Macパソコンを買ったら、次は教材本を買って貪り尽くしましょう。

初めてDRYな実験に触れる方は最初は何を言っているのかチンプンカンプンだと思うので、一周目は全体に軽く目を通す程度、２週目は少しじっくり全体を眺める、３週目から細かいところまでを学習するという流れにしましょう。

 

教材本として私は以下の本をオススメします。

 

僕の中でいちばんの良書です。

おそらく全くの初心者の方でもこの本を一冊クリアすればそれなりの解析ができると思います。

また、本格的な論文投稿用の作図テクニックも載っていますので、僕はこれを辞書がわりに机に常に置いておき、図を作成する際にはこれをいつも参考にしています。

お値段以上の価値がある本ですので、是非とも買ってみてください。

 

こちらはDryだけでなく、次世代シーケンサーを動かすためのWetな実験の解説にも力を入れている本です。

ややWetよりの研究者に最適だと思いますが、がっつりDryなテクニックを身に付けたい人には向かない本ですので注意してください。

 

ビッグデータの解析ではRにとってもお世話になります。

Rに強くなると、自分のやりたいことがスラスラとできるようになりますので、このような入門書で一通り基礎を学んでおくことをオススメします。

 

独学ではやっぱり難しいという方はハンズオントレーニングを

書籍で勉強しても、なかなか自力では作業する勇気がないという方もいますよね。

もしくは、途中で挫折してしまうという方もいるかもしれません。

そのような方々には、各種のワークショップに参加されることをオススメします。

講師やチューターの方が寄り添って指導してくれますので、何か疑問点や不安なことがあればその場で解決してくれます。

 

ワークショップとしていちばんオススメなのは北海道システムサイエンスが行っているセミナーでしょうか。

社員の方が講師として出張してくれ、実際のパソコンを操作しながらデータの解析方法を学べます。

僕も一度参加したことがありますが、なかなかためになるセミナーでした。

基本的に東京と大阪での開催ですが、要望があれば出張セミナーもやってくれるようなので、気になる方はチェックしてみてください。

詳しくはこちらで紹介されています。

 

また、NGS現場の会という組織では、次世代シーケンサーを愛する人たちがしばしば研究会やトレーニングを行っています。

このようなイベントに出席して、テクニックを習得するという手もあるでしょう。

 

 

上達のコツはとにかく手を動かす

さて、ここまでざっとですがデータ解析の勉強法を紹介してきましが、ここでいちばん大切なことを言ってしまうと、スキルアップしたければ自分で手を動かさなければいけません。

本を１００時間じっくり読むより、１０時間自分で実際にコマンドを打ったり、スクリプトを書いた方がスキルは確実に伸びます。

是非とも、勉強する際には隣にパソコンを置いておいてください。

そして、ガンガンキーボードを打ってください。

最初はエラーばっかりで嫌になると思いますが、エラーをひとつずつ解決していくうちにスキルはぐんぐん伸びています。

失敗を恐れずに、たくさん練習してください。

 

みなさまが卓越したバイオインフォマティシャンになれることをお祈りします。